O PROBLEMA
Se você tentar instalar o SQL Server 2000 sobre o Windows Server 2003 (qualquer edição), você receberá a seguinte mensagem:
SQL Server 2000 SP2 and below is not supported by this version of Windows. To run the program, click continue. For more information, click Details.
Ao contrário do que se possa pensar, esta não é uma mensagem de erro, mas uma simples mensagem de alerta informando que o SQL Server 2000 (SP2) ou inferior e seus componentes não são suportados na família de servidores Windows Server 2003. O mesmo acontece com a instalação do SQL Server 2000 Analysis Services (SP2) ou inferior e com o Microsoft SQL Server 2000 Desktop Edition (MSDE) Service Pack 2 (SP2) ou inferior. Porém, um ponto de atenção é que na instalação do MSDE a mensagem de alerta não é apresentada. Como conseqüência, durante a utilização do MSDE você pode encontrar alguns comportamentos inesperados.
EVITANDO FUTUROS PROBLEMAS
Para evitar futuros problemas com a utilização do SQL Server 2000, instale o SQL Server 2000 (SP3) ou superior imediatamente após a instalação do SQL Server 2000.
MIGRANDO DO WINDOWS 2000 PARA O WINDOWS 2003
Se você possui um servidor SQL Server 2000 instalado sobre o Windows Server 2000 e pretende atualizar o sistema operacional para o Windows Server 2003 sem efetuar uma reinstalação completa do servidor (procedimento absolutamente não recomendado), instale antes o SQL Server 2000 SP3 ou superior e então atualize o sistema operacional.
EXECUTANDO UM REINSTALAÇÃO COMPLETA
Para instalar o SQL Server 2000 em um novo servidor ou uma nova instalaçao do Windows Server 2003, siga os passos abaixo:
1) Instale o Windows Server 2003;
2) Instale o SQL Server 2000 (Aqui você receberá a mensagem de alerta mas prossiga com a instalação);
3) Instale o SQL Server 2000 SP3 ou superior;
Artigo oficial da Microsoft:
KB 399329 PRB: Windows Server 2003 Support for SQL Server 2000